Masaru Daimon, un chico de 14 años con bastante temperamento, conocido entre las pandillas por su naturaleza violenta y sus puños, se encuentra inesperadamente con Agumon, un digimon que había escapado de la organización gubernamental secreta DATS. Estos se retan a una pelea, llegando a un empate, por lo que terminan aceptándose el uno al otro, haciéndose amigos. Es cuando comienzan a aparecer digimons en la ciudad, causando estragos.
Tras vencer Masaru a Kokatorimon, él y su reciente amigo Agumon, son detenidos y llevados al cuartel de DATS. Esta organización tiene como misión principal la de bloquear la acción de cualquier digimon que aparezca en el mundo real de la manera más silenciosa, llevándolos de vuelta al mundo digital de donde provienen y borrando las memorias de los ciudadanos que han llegado a ver a uno de estos seres. Por tanto, la existencia de los digimon sólo es conocida por los miembros de DATS, de la que Masaru termina formando parte. Junto a él se encuentran Tohma H. Norstein, con Gaomon como compañero, y Yoshino Fujieda, con su compañera Lalamon
Tras unas cuantas batallas y casos de corrupción y uso malintencionado de digimons como herramientas, Tohma llega a la conclusión de que en todos los casos, los digimons cumplen el papel de demonios, haciendo realidad los pecados capitales de la gente. Esto provoca un viaje al Digimundo para detener a Mercurimonn donde conocerán a un niño que cree ser un Digimon llamado Ikuto.
